係指將營利事業所得稅與綜合所稅兩種稅目合而為一。實施兩稅合一制的目的在於消除營利所得兩次課稅的現象，在概念上認為公司為法律的虛擬體，不具獨立納稅能力，只是為把盈餘傳送給股東，不應重複課稅。

目前財政部決定採用的兩稅合一制是「設算扣抵法」，意即公司所繳納的營所稅，在股東繳納股利綜所稅時可以全部抵繳。舉例說明如下：

假設A公司繳納88年度營利事業所得稅300萬元，稅後盈餘800萬元，在繳納所得稅後分配該800萬元盈餘，則300萬元為股東的可扣抵稅額。若該公司共有股東10人，每人股權占十分之一，每一股東獲配80萬元股利淨額，並可獲配的可扣抵稅額為30萬元。現若甲股東其應申報的股利總額即為120萬元。如股東適用的邊際稅率為40％，應納稅額為48萬元，可扣抵稅額為30萬元，故股東僅需再補繳18萬元；若適用的邊際稅率為20％，應納稅額為24萬元，可扣抵稅額為30萬元，故股東尚可獲退稅6萬元。